Στην εμβολιαστική εκστρατεία εντάχθηκαν σχεδόν 1,5 χρόνο από την έναρξη της πανδημίας οι πρόσφυγες, αιτούντες άσυλο και μετανάστες που διαβιούν στη χώρα, αν και προς το παρόν καλύπτει μόνο ένα μικρό μέρος τους.
Οι πρώτοι εμβολιασμοί προσφύγων έγιναν την Πέμπτη 3 Ιουνίου στη δομή του Καρά Τεπέ της Μυτιλήνης, στη ΒΙΑΛ στη Χίο και στο Βαθύ της Σάμου, όπου θα συνεχιστούν και την Παρασκευή 4 Ιουνίου.
Σύμφωνα με το υπουργείο Μετανάστευσης και Ασύλου, οι εμβολιασμοί των προσφύγων θα πραγματοποιούνται σε ειδικά διαμορφωμένους χώρους, από κινητές μονάδες του ΕΟΔΥ, κάθε Πέμπτη και Παρασκευή, ενώ από την ερχόμενη εβδομάδα, και σύμφωνα με τον προγραμματισμό και τη διάθεση των χρησιμοποιούμενων μονοδοσικών εμβολίων της Johnson & Johnson, θα αρχίσουν να εμβολιάζονται και οι αιτούντες άσυλο σε Κω, Λέρο και στις πρώτες δέκα δομές στην ενδοχώρα.
Στη Μυτιλήνη όπου υπάρχει και η μεγαλύτερη δομή φιλοξενίας αιτούντων άσυλο, ο εμβολιασμός πραγματοποιήθηκε ανά ομάδες των πέντε ατόμων στο χώρο παροχής υπηρεσιών υγείας που είχε δωρίσει η ολλανδική κυβέρνηση.