Αντισυνταγματική και αντίθετη με την ΕΣΔΑ κρίθηκε από το ΣτΕ η μη πρόβλεψη από την Πολιτεία δυνατότητας απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης.
Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο με απόφαση του, κατόπιν σχετικής προσφυγής γονέων, ακύρωσε μερικώς προεδρικό διάταγμα του 2017, καθώς έκρινε ότι:
Ναι μεν είναι συνταγματική και νόμιμη η νομοθετική ρύθμιση για τον εκκλησιασμό και την πρωινή προσευχή των μαθητών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων, πλην όμως κατά παράβαση του άρθρου 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος και των άρθρων 9 της ΕΣΔΑ και 2 του Πρώτου Πρόσθετου Πρωτόκολλου της ΕΣΔΑ, δεν προβλέπεται παράλληλα και η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, μετά από σχετική δήλωση των γονιών τους.
Όπως αναφέρεται στο σκεπτικό της εν λόγω απόφασης της Ολομέλειας του ΣτΕ «η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και η διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων κατ’ άρθρο 16 παράγαρφος 2 του Συντάγματος. Ως εκ τούτου, απευθύνονται αποκλειστικά στους μαθητές που ασπάζονται το Ορθόδοξο Χριστιανικό δόγμα και όχι στους ετερόδοξους, αλλόθρησκους ή άθεους μαθητές».
Ενώ σε ότι αφορά άλλους μαθητές, πχ τους άθεους, «που απολαμβάνουν το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, η οποία κατοχυρώνεται στο άρθρο 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος, έχουν ευθέως βάσει της συνταγματικής αυτής διατάξεως δικαίωμα απαλλαγής από την προσευχή και τον εκκλησιασμό, χωρίς καμία δυσμενή συνέπεια, εφ’ όσον οι γονείς τους υποβάλουν δήλωση ότι δεν επιθυμούν, για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να συμμετέχουν τα τέκνα τους στην προσευχή και τον εκκλησιασμό» .
Για αυτο και κατά παράβαση του Συντάγματος και της ΕΣΔΑ «προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από την πρωινή προσευχή μόνο των μαθητών άλλου δόγματος και όχι και άλλων μαθητών (άλλου θρησκεύματος, άθεων, αγνωστικιστών) που έχουν λόγους θρησκευτικής συνείδησης για απαλλαγή».
