H διαβόητη συλλογή του πατέρα και της μητέρας του προέκυψε από λαθρανασκαφές και μπίζνες με αρχαιοκάπηλους. Τη δεκαετία του 1970 ξεκίνησαν οι παράνομες ανασκαφές στους τάφους της Μονής Οδηγήτριας.
Το 1978 ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης παρότι Υπουργός Συντονισμού έλαβε «άδεια Αρχαιολογικής συλλογής». Τα Αρχαία μεταφέρονταν στην Εφορεία Αρχαιοτήτων για συντήρηση και επέστρεφαν στη βίλα του.
Το 1991 το Μουσείο Κυκλαδίτικης Τέχνης του ιδρύματος Γουλανδρή θέλησε να προβάλει τη συλλογή. Η επιστολή Γουλανδρή επιβεβαιώνει ότι μεγάλο μέρος αποτελείτο από αντικείμενα κλεμμένα.
Ζητούσε από το Μουσείο Ηρακλείου να αποστείλει όσα αρχαία προέρχονται από τους ίδιους τάφους μαζί με κατάλογό τους. Οι αρχές απάντησαν στην επιστολή ζητώντας τον ακριβή αριθμό που κατέχει η οικογένεια Μητσοτάκη, υποστηρίζοντας πως η Συλλογή Μητσοτάκη είναι προϊόν λαθρανασκαφής και αρχαιοκαπηλίας.
Παρ’ όλα αυτά η συλλογή εκτέθηκε κανονικά και παρότι η Δικαιοσύνη άρχισε να διερευνά την υπόθεση λίγο μετά αρχειοθετήθηκε καθώς «ο τρόπος κτήσης δεν διακριβώθηκε».
