Καλώς και μέσα στα συνταγματικά πλαίσια αφαιρέθηκε, επί υπουργίας Γαβρόγλου, από τον νέο οργανισμό του Υπουργείου Παιδείας η διάταξη περί της αποστολής του η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης» των Ελλήνων .
Αυτό έκρινε το Συμβούλιο της Επικρατείας που απέρριψε αίτηση της Εκκλησίας της Ελλάδος, με την οποία ζητούσε να ακυρωθεί το επίμαχο ΠΔ 18/2018 «Οργανισμός υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων».
Πρόκειται για την υπ΄ αριθμ. 210/2020 απόφαση της Ολομέλειας του ΣτΕ που συζήτησε και αποφάσισε σχετικά, με πρόεδρο την Αικατερίνη Σακελλαροπούλου (πριν εκλεγεί Πρόεδρος της Δημοκρατίας) και εισηγήτρια την σύμβουλο Επικρατείας Μαρλένα Τριπολιτσιώτη.
Μετά από αυτή την απόφαση την ίδια τύχη αναμένεται να έχουν και οι άλλες σχετικές προσφυγές που έχουν υποβληθεί και από άλλους εκκλησιαστικούς φορείς, όπως είναι η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιά Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η «Πανελλήνια ‘Ενωση Θεολόγων» και η «Εστία Πατερικών Μελετών» .
Σύμφωνα με το σκεπτικό της επίμαχης απόφασης «το γεγονός ότι καθορίζεται ως αποστολή του υπουργείου η ανάπτυξη και συνεχής αναβάθμιση της παιδείας με σκοπό την ηθική, πνευματική και φυσική αγωγή των Ελλήνων, την ανάπτυξη της εθνικής συνείδησης, την προστασία της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης και της λατρείας, τη διαμόρφωση ελεύθερων, ενεργών και κριτικά σκεπτόμενων πολιτών κ.λπ., χωρίς να αναφέρεται ρητώς η ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης, αλλά η προστασία της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης, όπως άλλωστε δεν αναφέρεται κατά γράμμα ούτε η επαγγελματική αγωγή των Ελλήνων ή η διάπλασή τους σε υπεύθυνους πολίτες, δεν έχει την έννοια ότι οι σκοποί αυτοί παύουν να αποτελούν σκοπούς της παιδείας κατά παράβαση του Συντάγματος».
Κατά το ΣτΕ, το άρθρο 1 του επίμαχου Οργανισμού, στο οποίο αναφέρει ότι το υπουργείο Εθνικής Παιδείας, έχει μεταξύ των άλλων σκοπών του ως αποστολή και «την προστασία της ελευθερίας της θρησκευτικής συνείδησης» όχι μόνον δεν αντίκειται στο Σύνταγμα και τον εξουσιοδοτικό νόμο, αλλ’ αντιθέτως, αποδίδει με τον πληρέστερο τρόπο το περιεχόμενο των διατάξεων των άρθρων 13 παρ.1 και 16 παρ.2 του Συντάγματος και 54 του ν. 4178/2013».
Κατά την άποψη πάντως έξι συμβούλων Επικρατείας το π.δ. 18/2018 έπρεπε να ακυρωθεί καθ’ ο μέρος δεν περιλαμβάνεται η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης» των Ελλήνων στην διάταξη περί της αποστολής του υπουργείου.
Καθώς, πάντα κατά την κρίση της μειοψηφίας, η παράλειψη αυτή «δεν μπορεί να θεωρηθεί ότι καλύπτεται με την μνεία της «προστασίας της ελευθερίας της συνείδησης», η οποία ευρίσκει έρεισμα σε άλλη συνταγματική διάταξη (άρθρο 13 παρ. 1) και δεν ταυτίζεται με την «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης».
