Ο «Μυστικός Δείπνος» (π. 1495–98) είναι το μεγαλύτερο έργο (τεσσεράμισι μέτρα ύψος και σχεδόν εννιά πλάτος) του Λεονάρντο ντα Βίντσι και η μοναδική νωπογραφία του που έχει διασωθεί.
Εκτίθεται στην εκκλησία της Αγ. Μαρίας στο Μιλάνο, στην τραπεζαρία του μοναστηριού Σάντα Μαρία ντέλε Γκράτσιε. Αναπαριστά τη στιγμή που ο Ιησούς ανακοινώνει στους μαθητές του ότι ένας από αυτούς θα τον προδώσει.
Το έργο ήταν παραγγελία του δούκα Λουδοβίκου Σφόρτσα (προόριζε το κτίριο για μαυσωλείο της οικογένειάς του), ο οποίος υπήρξε μαικήνας των τεχνών, προστάτης του Λεονάρντο όπως και άλλων καλλιτεχνών της εποχής. Ο Λεονάρντο μέσα από αυτό το έργο θέλησε να αποδώσει τον τρόπο που ο χαρακτήρας και τα κίνητρα ενός ανθρώπου καταγράφονται στη σωματική του στάση. Γι’ αυτό τον λόγο υπάρχει κινητικότητα στους εικονιζόμενους παρότι κάθονται γύρω από το τραπέζι, σε αντίθεση με τον Ιησού που παραμένει πάντα γαλήνιος στο κέντρο.
Όταν ο Λεονάρντο άρχισε να δημιουργεί το έργο κάρφωσε ένα καρφί στο κέντρο του τοίχου (ακόμη διακρίνεται η τρύπα δίπλα στον δεξιό κρόταφο του Ιησού). Στόχος του ήταν να αποτελέσει το καρφί τον οδηγό του στην προοπτική για τις παράλληλες γραμμές της αίθουσας που θα δημιουργούνταν σε σχέση με το σημείο φυγής του πίνακα. Στη συνέχεια παραβλέποντας κάποιους κανόνες της προοπτικής κατάφερε να προσδώσει αληθοφάνεια από την πλευρά που θα αντίκριζαν την τοιχογραφία οι μοναχοί της εκκλησίας της Αγ. Μαρίας καθώς θα έμπαιναν από την πόρτα που υπάρχει στον δεξιό τοίχο.
Η νωπογραφία του «Μυστικού Δείπνου», ο οποίος έχει πυροδοτήσει κατά καιρούς δεκάδες θεωρίες συνωμοσίας σχετικά με τους κρυφούς συμβολισμούς που περιέχει έχει υποστεί από την εποχή της δημιουργίας της σοβαρές φθορές εξαιτίας των περιβαλλοντικών συνθηκών (ήταν εκτεθειμένη στις καιρικές συνθήκες αλλά και σε ένα υπόγειο ρυάκι) και των βομβαρδισμών που έγιναν στην περιοχή κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκόσμιου Πολέμου.