Ιστορία 128 ετών συμπληρώνει σήμερα ο Πανιώνιος. Στη Σμύρνη, στις 14 Σεπτεμβρίου 1890, ιδρύεται ο μουσικογυμναστικός σύλλογος «Ορφέας», που είχε ως σκοπό την καλλιέργεια μουσικής και σωματικής αγωγής των μελών του.
Το 1893, από τα μέλη του Ορφέα που ήθελαν ο σύλλογος να ασχολείται κυρίως με τον αθλητισμό, ιδρύεται ο νέος Σύλλογος με το όνομα «Γυμνάσιον» με σκοπό την ανάπτυξη και διάδοση του Γυμναστικού αθλήματος. Ο Σύλλογος αυτός διοργανώνει αθλητικούς αγώνες που τους αποκαλεί «Δημόσιους» οι δημοσιογράφοι όμως της Σμύρνης τους ονόμασαν από τότε «Πανιώνιους». Οι «Πανιώνιοι Αγώνες» τελέσθηκαν 19 φορές από το 1896 μέχρι το 1922. Μάλιστα ο σύλλογος είχε και ενεργή συμμετοχή στους πρώτους Ολυμπιακούς Αγώνες που διεξήχθησαν στην Αθήνα.
Οι δύο σύλλογοι, Ορφέας και θα ενωθούν το 1898 και θα δημιουργήσουν τον «Πανιώνιο Γυμναστικό Σύλλογο Σμύρνης», ο οποίος τρία χρόνια αργότερα καθιερώνει τους πρώτους «Σχολικούς αγώνες» και δίνει ώθηση στην Πολιτεία να κάνει το μάθημα της Γυμναστικής υποχρεωτικό στα σχολεία. O ι αγώνες αυτοί συνεχίστηκαν μέχρι το 1922 χωρίς να ανασταλούν ούτε κατά την διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου (1914 – 1918).
Το 1902 ο Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σμύρνης ιδρύει την πρώτη σχολή γυμναστών. Από όλη την Ελλάδα οι εφορίες των σχολείων στέλνουν δασκάλους και δασκάλες στη Σχολή για την εκμάθηση της Σουηδικής Γυμναστικής, ενώ δύο χρόνια αργότερα, το Α΄ Πανελλήνιο εκπαιδευτικό Συνέδριο που συνήλθε στην Αθήνα απένειμε το Χρυσό Μετάλλιο και Δίπλωμα Τιμής στον Π.Γ.Σ.Σ. για την συμβολή του στην αθλητική διαπαιδαγώγηση.
Τα χρόνια που ακολουθούν μέχρι την καταστροφή της Σμύρνης από τους Τούρκους, ο Πανιώνιος δημιούργησε την πρώτη ομάδα βόλεϊ (1913), εισάγοντας το άθλημα της πετοσφαίρισης στον ελλαδικό χώρο, ενώ ταυτόχρονα με την Αθήνα και την Θεσσαλονίκη, δημιούργησε ομάδα μπάσκετ (1919), οργανώνοντας μάλιστα πρωτάθλημα στη Σμύρνη.
Αρωγός στην προσπάθεια του Πανιωνίου για ανάπτυξη του αθλητισμού στη Σμύρνη, υπήρξε ο εθνομάρτυρας Μητροπολίτης Σμύρνης Χρυσόστομος (σκοτώθηκε από τους Τούρκους στις 27 Αυγούστου 1922). Με ενέργειες του Χρυσοστόμου δημιουργήθηκε στη Σμύρνη το γήπεδο του Πανιωνίου Γυμναστικού Συλλόγου Σμύρνης, έχοντας μάλιστα αρνηθεί δάνειο 100.000 χρυσών λιρών που του προσέφεραν οι Άγγλοι. Συγκεκριμένα, με εισήγηση του μητροπολίτη Χρυσόστομου η Δημογεροντία και η Κεντρική Επιτροπή παραχώρησαν έκταση 105 στρεμμάτων, αν και είχαν δελεαστική προσφορά 100.000 λιρών από Άγγλους, για να την πουλήσουν. Εκεί κτίστηκε το νέο στάδιο του συλλόγου, το οποίο εγκαινιάστηκε το 1912 στους ΙΔ΄ Πανιώνιους Αγώνες. Το νέο στάδιο περιελάμβανε στίβο περιμέτρου 334 μέτρων, γήπεδο ποδοσφαίρου διαστάσεων 95×65 μ., γυμναστήριο εξοπλισμένο με σύγχρονα όργανα, εξέδρα για 7.000 θεατές, αποδυτήρια και γραφεία.
Ο «Ιστορικός» έγινε πρόσφυγας το 1922. Μεταφέρθηκε στην Αθήνα και του παραχωρήθηκε ένα δωμάτιο στα αποδυτήρια του Παναθηναϊκοιύ Σταδίου, απ` όπου άρχισε η ανασυγκρότηση και ανασύσταση όλων του τμημάτων του συλλόγου. «Ο Πανιώνιος είναι ιδέα και οι ιδέες δεν πεθαίνουν ποτέ», έλεγε ο τότε πρόεδρος του συλλόγου, Δημητρός Δάλλας, κάτι που αποδείχθηκε περίτρανα με το πέρασμα των χρόνων, αφού η ομάδα της Νέας Σμύρνης αποτελεί σύλλογο-στολίδι για τον ελληνικό αθλητισμό, με πολλούς και ένθερμους υποστηρικτές.
