Την ανάγκη να διαχωριστεί η πολιτεία από το κράτος εξέφρασε ο Νίκος Φίλης κατά τη συζήτηση του νομοσχεδίου για τη νομική αναγνώριση της ταυτότητας φύλου, σχολιάζοντας πως «δεν γίνεται να υπάρχουν δυο μέτρα και δυο σταθμά. Από την μια ένα θείον καθίδρυμα και από την άλλη μια εγκόσμια πολιτική».
«Σε αυτή τη συμβολική αντιπαράθεση που αφορά εξαιρετικά λίγους συμπολίτες, η ιεραρχία, δηλαδή η διοίκηση και όχι το σώμα της εκκλησίας, η ιεραρχία ξαναμπαίνει πολιτικά μπροστά και διεκδικεί πολιτικό ρόλο» είπε ο πρώην υπουργός Παιδείας και πρόσθεσε: «Έχει δικαίωμα; Το έχει επειδή το διεκδικεί». Αποσαφήνισε δε πως όταν διεκδικείς πολιτικό ρόλο, θα αντιμετωπιστείς πολιτικά. «Δεν υπάρχουν δυο μέτρα και δυο σταθμά από την μια ένα θείον καθίδρυμα και από την άλλη μια εγκόσμια πολιτική. Αυτά είναι πλαστές διατυπώσεις» τόνισε.
«Όταν κατεβαίνει κανείς στο στίβο της πολιτικής», σημείωσε, «όταν επανέρχεται η γνωστή ευλογία υπέρ της δεξιάς του κυρίου, τότε είναι προφανές ότι σε αυτήν την πολιτική επιδίωξη της ιεραρχίας, οι ίδιοι οι πιστοί που ανήκουν σε πολλά κόμματα, σε πολλές ιδεολογικοπολιτικές αντιλήψεις, τους ενώνει μόνο η πίστη τους στον Χριστό». Κατά τον κ. Φίλη, όλοι οι πολίτες εντός και εκτός της εκκλησίας διεκδικούν να υπάρξει και μια λύση δημοκρατικού χαρακτήρα και αυτή η λύση κατά τη γνώμη του είναι η συνταγματική αναθεώρηση που θα καθιστά σαφείς τους ρόλους της εκκλησίας και της πολιτείας. Ο πρώην υπουργός δεν χρησιμοποίησε την ορολογία διαχωρισμός διότι «δημιουργούνται παρεξηγήσεις εκ μέρους της εκκλησίας». «Για χωρισμό πρόκειται όμως, άλλο η εκκλησία, άλλο η ιεραρχία, άλλο η εκκλησία ως θεσμός και άλλο η κοινωνία. Η πολιτική και οι άλλοι κοσμικοί θεσμοί» τόνισε.