Άτολμη χαρακτήρισε την πρόταση του κόμματός του για τη θρησκευτική ουδετερότητα του κράτους ο Νίκος Φίλης, κρίνοντας πως οι συνθήκες είναι πλέον ώριμες για τον πλήρη διαχωρισμό κράτους – εκκλησίας. Διαβεβαίωσε, ωστόσο, ότι θα υπερψηφίσει την πρόταση του ΣΥΡΙΖΑ ακούγοντας τα επιχειρήματα και τις θέσεις της ΝΔ.
«Ο ΣΥΡΙΖΑ έφερε μία άτολμη πρόταση αναθεώρησης, η οποία δυστυχώς προσέκρουσε και σε διάφορες ενδογενείς και άλλες αντιθέσεις που υπάρχουν στην κοινωνία. Δεν λύνουμε στην πολιτική προβλήματα κρίσιμης σημασίας με ατελείς συμβιβασμούς» είπε ο πρώην υπουργός Παιδείας και τομεάρχης του ΣΥΡΙΖΑ, προσθέτοντας όμως ότι θα τη ψηφίσει «κατ’ οικονομία» και «βλέποντας ποια κοινοβουλευτική πλειοψηφία υπάρχει σήμερα εδώ μπροστά μας, και τι προτείνει αυτή».
Προηγουμένως, έκρινε ώριμο το διαχωρισμό κράτους και εκκλησίας, γεγονός που -σύμφωνα με τα λεγόμενά του- προκύπτει από δημοσκοπήσεις, από συζητήσεις και επιστημονικές συνεδρίες. «Είναι ώριμο… Και δεν θίγει το δικαίωμα του Πολίτη να θρησκεύεται. Κατοχυρώνεται πλήρως αυτό το δικαίωμα, και μάλιστα ο πολίτης μπορεί να θρησκεύεται όπως θέλει ή και καθόλου» εξήγησε και συμπλήρωσε πως με αυτόν τον τρόπο θεσπίζεται η διάκριση του πολίτη και του πιστού.
«Γιατί αυτός ο χωρισμός κράτους – εκκλησίας που είναι ώριμος από άποψη λαϊκής αποδοχής είναι και αναγκαίος σήμερα για τον εξής επιπλέον λόγο: Γιατί σε ολόκληρη την Ευρώπη υπάρχει μια επιστροφή της θρησκείας με διεκδίκηση πολιτικής παρέμβασης. Είναι ο φονταμενταλισμός σε όλες τις εκδοχές του, σε όλες τις θρησκείες, αλλού περισσότερο αλλού λιγότερο. Τι άλλο ήταν η ιστορία με τις ταυτότητες επί μακαριστού Χριστόδουλου; Μια εκδήλωση διεκδίκησης πολιτικού ρόλου της εκκλησίας. Φονταμενταλισμός δηλαδή, ζηλωτισμός και ορθοδοξισμός» υποστήριξε, ενώ διερωτήθηκε με νόημα γιατί χρονίζει το πρόβλημα της εκκλησιαστικής εκκλησίας, συνδέοντάς το με τον πολιτικό ρόλο που διεκδικεί ο κλήρος και δη σε συνθήκες κρίσης.
