Αναμφισβήτητα η διοίκηση της εκκλησίας με τη στάση που τήρησε έναντι της δικτατορίας πρόδωσε την αποστολή της. Ο αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος, η πλειονότητα των ιεραρχών της Ελλαδικής Εκκλησίας, οι εκπρόσωποι των πατριαρχείων, οι καθηγητές των θεολογικών σχολών, οι χριστιανικές οργανώσεις και τα θρησκευτικά έντυπα ταυτίστηκαν με τους συνταγματάρχες της χούντας.
Άξια αναφοράς είναι η αντιδικτατορική δράση μελών της εκκλησίας που τίμησαν με τους αγώνες τους τις ευαγγελικές τους αρχές. Δύο είναι κυρίως τα πρόσωπα-σύμβολα του αντιδικτατορικού αγώνα των χριστιανών: ο Νίκος Ψαρουδάκης, πρόεδρος του κινήματος της Χριστιανικής Δημοκρατίας, και ο παπάς του λαού του Θεού π. Γεώργιος Πυρουνάκης.
Κάθε άρθρο του Ψαρουδάκη στην ηρωική εφημερίδα «Χριστιανική» αποτελούσε πνευματική βόμβα στα θεμέλια του καθεστώτος. Με τα κείμενά του ανέτρεπε τη σαθρή επιχειρηματολογία των βολεμένων χριστιανών που στήριζαν τη δικτατορία. Σε ένα από αυτά γράφει: «Η Δ. Εκκλησία δεν ανήκει ούτε στα Ανάκτορα ούτε στην Κυβέρνηση. Ανήκει σε όλο το λαό. Πώς μπορεί λοιπόν ο λαός να καταπιέζεται και η Δ. Εκκλησία να έχει αγαθές σχέσεις με τους δημίους και τους τυράννους του;…Ο λαός ήθελε να δη μια Δ. Εκκλησία ζωντανή, άξια να προστατεύση τη ζωή και τα δικαιώματά του. Κι αντ’ αυτής είδε μια Δ. Εκκλησία ψοφοδεή, συνθηκολόγα, πρόθυμη υπηρετριούλα του φασίστα Καίσαρα».
Η «Χριστιανική» με την αρθρογραφία του Ψαρουδάκη αγκαλιάζεται από πλατιά στρώματα του λαού. Φτάνει κάποια στιγμή να κυκλοφορεί σε περισσότερα από 100.000 φύλλα. Η χούντα δεν θα αργήσει να διακόψει την κυκλοφορία της, να τον συλλάβει και να τον στείλει εξορία στη Γυάρο. Διώξεις θα υποστούν και άλλα μέλη του κινήματός του, όπως ο παιδαγωγός Νικηφόρος Ζήσης. Ο π. Γιώργης Πυρουνάκης, ο παπάς της ελευθερίας και της αγάπης, δεν έχανε ευκαιρία να προκαλέσει προβλήματα στο καθεστώς. Οι προσπάθειες του Ιερώνυμου αλλά και των υψηλόβαθμων ανθρώπων της Ασφάλειας να τον φιμώσουν πολλές. Εφτασαν στο σημείο να του απαγορεύσουν να τελέσει τη Θεία Λειτουργία. Όλες όμως έπεφταν στο κενό. Ο παπάς του λαού του Θεού ήταν αλύγιστος. Εκτός από τους προαναφερθέντες, η δικτατορία φρόντιζε κάθε στιγμή να διώκει τους ανυπότακτους του εκκλησιαστικού περιβάλλοντος.
Οι συνταγματάρχες μόλις καταλαμβάνουν την εξουσία απαιτούν τη δίωξη των επισκόπων Φιλίππων, Νεαπόλεως και Θάσου κ. Αλεξάνδρου και Πειραιώς κ. Χρυσοστόμου για φιλοαριστερισμό. Tη μέρα της ενθρόνισης του Ιερώνυμου (17/5/67) συλλαμβάνεται και φυλακίζεται ο εφημέριος του Αγ. Γεωργίου στο Κερατσίνι π. Γεώργιος Δημητριάδης, γνωστός ως «ρακοσυλλέκτης» και «προστάτης των φτωχών» στις υποβαθμισμένες περιοχές του Πειραιά, διότι από άμβωνος κατήγγειλε την κατάλυση των ελευθεριών και επιτέθηκε κατά του καθεστώτος. Ακολουθεί η σύλληψη και η πολύμηνη φυλάκιση του π. Πέτρου Γαβαλά, μέλους αντιδικτατορικής οργάνωσης στην Κρήτη. Οφείλουμε επίσης να αναφερθούμε στις κινητοποιήσεις των φοιτητών της Θεολογικής Σχολής Αθηνών, οι οποίοι διαφοροποιήθηκαν από τις επιλογές των καθηγητών τους και συμμετείχαν ενεργά στις δράσεις του παράνομου τότε φοιτητικού κινήματος (Νομική κ.λπ.). Δεν πρέπει να παραλειφθεί ότι με πρωτοστατούντα τον διάκονο Τιμόθεο Λαγουδάκη βοήθησαν να αποδειχθεί η νοθεία των φοιτητικών «εκλογών» που είχε οργανώσει η χούντα.
Πιο συγκεκριμένα, στις 24/11/1972 ο Λαγουδάκης υπέβαλε στον σύλλογο των καθηγητών της σχολής υπόμνημα στο οποίο καταγγέλλει ότι, ενώ τον εψήφισαν 42 συμφοιτητές του, μεταξύ των οποίων αρκετοί ιερείς, έλαβε μόνον 28 ψήφους. Στη συνέχεια θα συλληφθεί από την Ασφάλεια και θα βασανιστεί. Ο Αλβανίας κ. Αναστάσιος, μαζί με τον διάκονο Τιμόθεο Λαγουδάκη, θα σταθεί στο πλευρό των συλληφθέντων φοιτητών της εξέγερσης της Νομικής μαζί με τους γονείς τους, τους επισκέπτεται στο ΕΑΤ-ΕΣΑ και τους συμπαρίσταται.
