Αλλαγές στον οργανισμό της ΕΥΠ έρχονται με σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος που κατατέθηκε για νομοπαρασκευαστική επεξεργασία στο Συμβούλιο της Επικρατείας σχετικά με τυχόν ηλεκτρονικές επιθέσεις, καθώς οι υπηρεσίες της ΕΥΠ θα είναι υπεύθυνες και για τυχόν επιθέσεις σε υπουργεία.
Ειδικότερα με το ΠΔ, προβλέπεται ότι η ΕΥΠ θα είναι υπεύθυνη και για ηλεκτρονικές επιθέσεις σε υπουργεία. Επίσης προβλέπονται αλλαγές σε σχέση με τη διερεύνηση της δυνατότητας απευθείας χρηματοδότησης από Ευρωπαϊκούς και άλλους διεθνείς οργανισμούς καθώς και με την επιλογή προϊσταμένων υπηρεσιακών μονάδων και προσωπικού.
Ειδικότερα, στο ΣτΕ κατατέθηκε για νομοπαρασκευαστική επεξεργασία σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος (Π.Δ.) με το οποίο επέρχονται τροποποιήσεις και συμπληρώσεις στο Π.Δ. 1/2017 που αφορά τον οργανισμό της Ε.Υ.Π., όπως αυτός τροποποιήθηκε με το μεταγενέστερο Π.Δ. 96/2020.
Σύμφωνα με το σχέδιο στη σχετική παράγραφο του άρθρου 2 (αρμοδιότητες υπηρεσιών ΕΥΠ) του Π.Δ. 1/2017 που αναφέρεται στους φορείς οι οποίοι υπάγονται στην αρμοδιότητα προστασίας της ομάδας αντιμετώπισης ηλεκτρονικών επιθέσεων στις κυβερνητικές υπηρεσίες, στα υπουργεία, κ.λπ., προστίθενται στην προστασία αυτή και οι εποπτευόμενοι φορείς των υπουργείων. Η σχετική διάταξη διαμορφώνεται ως εξής:
«Ως ομάδα Αντιμετώπισης Ηλεκτρονικών Επιθέσεων (Εθνικό CERT), εντός του εθνικού πλέγματος Κυβερνοασφάλειας που καθορίζει η Εθνική Αρχή Κυβερνοασφάλειας, για τις κυβερνοεπιθέσεις εναντίον των δημοσίων φορέων της χώρας, που δεν εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της Διεύθυνσης Κυβερνοάμυνας του Γ.Ε.ΕΘ.Α. (CSIRT). Ειδικότερα, υποστηρίζει την Προεδρία της Κυβέρνησης και τα Υπουργεία και τιους εποτευόεμνους φορείς τους, με εξαίρεση το Υπουργείο Εθνικής Άμυνας, για την πρόληψη, την έγκαιρη προειδοποίηση και την αντιμετώπιση κυβερνοεπιθέσεων, εναντίον τους».
Παράλληλα, η Μονάδα Διαχείρισης Διεθνών και Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων του Κέντρου Τεχνολογικής Υποστήριξης, Ανάπτυξης και Καινοτομίας (ΚΕ.Τ.Υ.Α.Κ.) της ΕΥΠ, σύμφωνα με τις αλλαγές που επέρχονται, θα υπάγεται πλέον στις αρμοδιότητες της η διερεύνηση της δυνατότητας απευθείας χρηματοδότησης από Ευρωπαϊκούς και άλλους διεθνείς οργανισμούς, η σύνταξη των σχετικών αιτημάτων χρηματοδότησης, ενώ θα υλοποιεί τις δράσεις αυτές ενεργώντας ως δικαιούχος.