Από την εποχή του Μιχαήλ Χωνιάτη η Ακρόπολη ανατέλλει στον ορίζοντα με μια ακτινοβολία που συνέχισε να πλουτίζεται ως τις μέρες μας. Λάτρης της αρχαιότητας και άφθαστος γνώστης της αρχαίας γραμματείας, ο Χωνιάτης ήταν σε θέση να εκτιμήσει τη μοναδική ποιότητα του τόπου όπου βρέθηκε ως μητροπολίτης και έζησε από το 1182 έως το 1204. Κατοικώντας στα Προπύλαια γράφει ότι του φαίνεται πως πατεί την «άκρα του ουρανού». Η εποχή της λατινοκρατίας (1204-1458) ενίσχυσε την ώσμωση ανάμεσα σε Ανατολή και Δύση που είχε ξεκινήσει με τις σταυροφορίες κι έφερε την Ακρόπολη στην απαρχή του σύγχρονου κόσμου με μια αίγλη που συνέχισε να αυξάνεται στην Αναγέννηση και στον Διαφωτισμό.
Οι περιηγητές δημοσίευσαν περιγραφές και εικονίσεις με βασικούς σταθμούς την επίσκεψη των Σπον και Γουέλερ στα 1675-1676 και στη συνέχεια τις διαδοχικές αποστολές της εταιρείας των Ντιλετάντι που εγκαινιάστηκαν από τους Στιούαρτ και Ρεβέτ, με τις μελέτες των αρχαιοτήτων της Αθήνας μεταξύ 1751-1753. Στο δεύτερο μισό του 18ου αιώνα η Ακρόπολη, η Αθήνα και οι Ελληνες κάτοικοί της είχαν εξιδανικευθεί με την αναγωγή τους στην αρχαιότητα. Η απαγωγή μαρμάρων από τον Ελγιν έγινε στόχος βαρύτατης κριτικής στη Δύση από τον κόσμο της διανόησης και της τέχνης. Ο λόρδος Βύρων επισκέφθηκε την Αθήνα, έγραψε την «Κατάρα της Αθηνάς» και πεθαίνοντας στο Μεσολόγγι καταστερίστηκε με τους ήρωες της Ελληνικής Επανάστασης.
Η Αθήνα δεν ήταν από τις σπουδαίες πόλεις της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Ούτε και στα μνημεία της αναγνώριζαν οι Τούρκοι κατακτητές κάποια αξία. Αντίθετα, για την ευρωπαϊκή Δύση η Αθήνα αντιπροσώπευε ένα τεράστιο συμβολικό κεφάλαιο και η Ακρόπολη πολύ περισσότερο. Με την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης η διατήρηση των μνημείων αναδείχθηκε σε πρώτιστο ζήτημα. Είναι γνωστές οι προσπάθειες Αγγλων και Γάλλων να πείσουν τον σουλτάνο και τους ντόπιους Τούρκους διοικητές να σεβαστούν τα αρχαία μνημεία που δέσποζαν στον βράχο. Οι Ελληνες έγιναν κύριοι της Ακρόπολης το 1822. Τα μνημεία και η σωτηρία τους απασχολούσαν τους κυβερνήτες των μεγάλων δυνάμεων σε τέτοιο βαθμό, που προσπαθούσαν να βρουν τρόπους να πείσουν τους Τούρκους πολιορκητές να μη βομβαρδίζουν την Ακρόπολη για να μην προκληθούν βλάβες στα μνημεία. Η διάσωση των μνημείων έπαιξε κρίσιμο ρόλο στην τελική έκβαση της πολιορκίας της Ακρόπολης από τους Τούρκους το 1827. Πράγματι, ένας από τους λόγους που οι Ελληνες αναγκάστηκαν να την αφήσουν και πάλι στους Τούρκους ήταν το γεγονός ότι οι τελευταίοι βομβάρδιζαν ανελέητα την Ακρόπολη και τα μνημεία της.
Στο διάστημα των πέντε χρόνων που οι Ελληνες κατείχαν την Ακρόπολη ανακαλύφθηκε η αρχαία πηγή της Κλεψύδρας από τον αρχαιολόγο Κυριάκο Πιττάκη. Στο ίδιο χρονικό διάστημα κάποιοι άλλοι Ελληνες άφησαν τα ίχνη τους επάνω στα μνημεία της Ακρόπολης. Συγκεκριμένα, στο ανώτατο τμήμα της βορειοδυτικής παραστάδας του κεντρικού κτιρίου των Προπυλαίων υπάρχουν χρονολογημένα χαράγματα. Το σημαντικότερο έγινε από την αποστολή των Ντιλετάντι το 1765 και φέρει χρονολογία και τα αρχικά των Nicholas Revett, Richard Chander και William Pars. Υπάρχουν, όμως, και κάποια ελληνικά χαράγματα. Το ένα είναι ανορθόγραφο και μεταγράφεται ως: «Τζανέτος Σακελαρόπουλος κύριε συ οίδας αυτόν». Το άλλο αναγράφει το όνομα «Εμανουέλ Ιατρού». Και τα δύο οπωσδήποτε αναγράφηκαν από Ελληνες υπερασπιστές της Ακρόπολης μεταξύ 1822-1827, αφού μόνο αυτή την περίοδο οι Ελληνες είχαν πρόσβαση στην Ακρόπολη και τη συγκεκριμένη περιοχή των Προπυλαίων. Αυτό επιβεβαιώνεται από ένα άλλο χαράγμα που σώζεται στην ίδια περίπου στάθμη, στη νότια επιφάνεια του βόρειου τοίχου των Προπυλαίων, μερικά μέτρα ανατολικότερα. Γράφει: «1827 10 ΑΠΡΙΛΙΟΥ ΓΕΩΡΓΙΟΣ ΘΟΜΟΠΟΥΛΟΣ».
Τέτοια ίχνη υπάρχουν σε όλα τα μνημεία της Ακρόπολης. Τα παλιότερα ανάγονται στην αρχαιότητα, τα περισσότερα είναι βυζαντινά. Είναι βέβαιο ότι όταν χαράχτηκαν οι αυτοσχέδιες αυτές επιγραφές διακρίνονταν λευκές επάνω στο καστανό χρώμα της οξειδωμένης επιφάνειας του μαρμάρου, της λεγόμενης πατίνας. Σήμερα δύσκολα διακρίνονται αν δεν υπάρξει κατάλληλος φωτισμός, φυσικός ή τεχνητός. Πολλά έχουν εξαφανιστεί τελείως, μολονότι καταγράφηκαν στον 19ο ή τον 20ό αιώνα. Ο Σεφέρης γράφει κάπου ότι ονειρεύτηκε μια Ακρόπολη ρόδινη. Πράγματι, ρόδινη ήταν η Ακρόπολη έως ότου η ρόδινη επιδερμίδα της ξεπλύθηκε από την όξινη βροχή.
Τα χαράγματα είναι τα πιο ταπεινά και ευάλωτα ίχνη στην Ακρόπολη. Ο ίδιος ο βράχος της Ακρόπολης είναι γεμάτος φυσικές ρωγμές και κενά, μικρά ή σπηλαιώδη, μέσα από τα οποία οι Αθηναίοι πίστευαν ότι ξεπήδησαν οι πρώτοι γηγενείς κάτοικοι αυτού του τόπου, ανάμεσά τους και οι ένοικοι του Ερεχθείου. Τα μνημεία διατηρούν ίχνη δράσεων φυσικών και ανθρωπογενών, κατασκευαστικών φάσεων και παρεμβάσεων που ακόμη δεν έχουν ερμηνευτεί πλήρως και ίσως ποτέ δεν θα ερμηνευτούν οριστικά. Γι’ αυτόν ακριβώς τον λόγο οφείλουν να παραμείνουν στη διάθεση των ερευνητών του παρόντος και του μέλλοντος, καθώς συνιστούν το πολύτιμο παλίμψηστο της Ακρόπολης και των μνημείων της που κάνουν τον τόπο να ανασαίνει και να διαβάζεται σαν ανοιχτό βιβλίο.
Δυστυχώς το τσιμέντωμα και άλλες εγκαταστάσεις που έγιναν πρόσφατα στην Ακρόπολη, καθώς και όσες προγραμματίζονται στο προσεχές μέλλον, όπως η καθολική κάλυψη της δυτικής πρόσβασης μπροστά στα Προπύλαια και η κάλυψη της Ακρόπολης με ταράτσες, όλα από νέα υλικά, θα σφραγίσουν το συνολικό δημιούργημα χιλιετιών με τσιμέντα που δεν θα ωφελήσουν ούτε την επιστήμη ούτε τις πρακτικές ανάγκες του τουρισμού, όπως διατείνονται οι υποστηρικτές τους. Αντίθετα, η διακίνηση πλήθους τουριστών μέσα από τα Προπύλαια κατά την είσοδο και κατά την έξοδο, όπως σχεδιάζεται για το εγγύς μέλλον, θα προκαλέσει ασύλληπτες βλάβες στο υλικό σώμα του μνημείου και στην αρχιτεκτονική του.
