Η Απελευθέρωση συνιστά μια περίπλοκη διαδικασία, στο επίκεντρο της οποίας τίθεται το ζήτημα της εξουσίας. Ποιος θα κυβερνήσει την απελευθερωμένη χώρα και ποια μορφή θα έχει η εξουσία αυτή. Πίσω από τις αυθόρμητες λαϊκές εκδηλώσεις χαράς και ενθουσιασμού υπέβοσκαν εντάσεις και αντιθέσεις. Η κάθε άλλο παρά ομαλή διαδικασία συντελείται μέσα σε κλίμα τρομακτικής ψυχολογικής πίεσης. Το στρατιωτικό διακύβευμα της γερμανικής υποχώρησης ήταν η «ειρηνική εκκένωση» των Αθηνών. Η εξασφάλισή της από τη γερμανική διοίκηση ήταν προϋπόθεση για την απρόσκοπτη υποχώρηση των γερμανικών δυνάμεων, χωρίς δηλαδή επιθέσεις από αντάρτες ή Βρετανούς. Σε διαφορετική περίπτωση θα εφαρμοζόταν η θεωρία του χάους με την ανατίναξη εργοστασίων, αποβαθρών και άλλων υποδομών. Πάνω στον τρόπο με τον οποίο θα υποχωρούσαν οι Γερμανοί στήθηκε ένα διπλωματικό παιχνίδι με πολλούς παίχτες και διαφορετικές στοχεύσεις. Αν και καμία πλευρά δεν είχε επίσημη εξουσιοδότηση να διαπραγματευτεί τη γερμανική παράδοση, η απειλή των καταστροφών, με τις ανθρώπινες απώλειες και τις υλικές ζημιές που συνεπάγονταν, και η δυνατότητα των τοπικών Γερμανών αξιωματούχων να τις αποτρέψουν μπορούσαν να εξασφαλίσουν μια άτυπη ουδετερότητα.
Οι Γερμανοί εντέχνως εκμεταλλεύτηκαν τη βρετανική καχυποψία απέναντι στο ΕΑΜ, το οποίο δυνάμει μπορούσε να επωφεληθεί από την κατάσταση κυριεύοντας βαρύ γερμανικό οπλισμό ή ακόμη και καταλαμβάνοντας την εξουσία. Στην ουσία τέθηκαν πολιτικές προτεραιότητες έναντι της στρατιωτικής αναγκαιότητας ενός πολέμου ο οποίος συνεχιζόταν ακόμη με μεγάλη σφοδρότητα. Είναι ενδεικτικό ότι παρά τη συντριπτική από αέρος υπεροπλία της, η βρετανική αεροπορία (RAF) δεν παρεμπόδισε την προσπάθεια σύμπτυξης ούτε μίας γερμανικής νησιωτικής φρουράς προς την ηπειρωτική Ελλάδα, το μεγαλύτερο μέρος των οποίων αφέθηκε να διαπεραιωθεί ανενόχλητο. Μόνο όταν η βρετανική παθητικότητα άρχισε να προκαλεί όχι μόνο υποψίες αλλά και αντιδράσεις –από τους έτερους της συμμαχίας Αμερικανούς– οι Βρετανοί βομβάρδισαν, στα μέσα Σεπτεμβρίου 1944, τα τρία αεροδρόμια της Αττικής (Καλαμάκι, Τατόι, Ελευσίνα), καταστρέφοντας πάνω από τα μισά γερμανικά μεταγωγικά αεροπλάνα και ανακόπτοντας τη διαδικασία εκκένωσης των νησιών. Η ίδια εφεκτική στάση τηρήθηκε και απέναντι στις υποχωρούσες από ξηράς γερμανικές δυνάμεις, στις οποίες η βρετανική αεροπορία απέφυγε να δώσει συντριπτικό πλήγμα.
Με κύριο στόχο την παραμονή της Ελλάδας στη βρετανική σφαίρα επιρροής, στις 9 Αυγούστου 1944 το Βρετανικό Πολεμικό Συμβούλιο ενέκρινε το σχέδιο «Μanna» για την αποστολή στρατιωτικής δύναμης 10.000 αντρών στην Ελλάδα αμέσως μόλις υποχωρήσουν οι Γερμανοί. Ολες οι διαθέσιμες στρατιωτικές μονάδες έπρεπε να συγκεντρωθούν και να εισέλθουν στην Αθήνα. Η επιχείρηση θα ξεκινούσε μόνο όταν οι Γερμανοί είχαν εγκαταλείψει την πόλη. Η Σοβιετική Ενωση δεν είχε αντίρρηση για την αποστολή βρετανικής στρατιωτικής δύναμης στην Ελλάδα και ούτε προτίθετο να στείλει η ίδια στρατεύματα εκεί. Η βρετανική πρωτοκαθεδρία στην Ελλάδα και η αντίστοιχη παραίτηση της Μόσχας σφραγίστηκαν με τη Συμφωνία των Ποσοστών μεταξύ Στάλιν και Τσόρτσιλ για το μοίρασμα των σφαιρών επιρροής στα Βαλκάνια (7 Οκτωβρίου 1944) καθώς και στις συζητήσεις των υπουργών Εξωτερικών των δύο χωρών τις ακόλουθες ημέρες.
Το ΕΑΜ/ΕΛΑΣ, ο βασικός παράγοντας (εκτός των Βρετανών) ο οποίος διέθετε αξιόμαχη στρατιωτική ισχύ, είχε κηρύξει ανειρήνευτο πόλεμο με τους Γερμανούς με το σύνθημα «Ολοι επί ποδός πολέμου». Εχοντας συγκροτηθεί μέσα στις δύσκολες συνθήκες της Κατοχής με πρωτοβουλία και κύρια πολιτική δύναμη το ΚΚΕ, το ΕΑΜ πρότασσε την αντίσταση με όλα τα μέσα στον κατακτητή καθώς και ένα πολίτευμα που δεν υπερέβαινε μεν το αστικοδημοκρατικό αλλά είχε προοδευτικό κοινωνικό περιεχόμενο. Ως ανεξάρτητος από τα παραδοσιακά πολιτικά κόμματα και αυτόνομος πολιτικός μηχανισμός, το ΕΑΜ διέρρηξε τους παραδοσιακούς θεσμούς εξουσίας εκφράζοντας τα αιτήματα των λαϊκών και μικροαστικών στρωμάτων, τα οποία σταδιακά ριζοσπαστικοποιήθηκαν. Η συλλογική θέληση της κοινωνίας για αλλαγή αποτυπώθηκε στις πρακτικές και τις δομές της Ελεύθερης Ελλάδας. Μέσω της ΠΕΕΑ, της Κυβέρνησης του Βουνού, την οποία συγκρότησε τον Μάρτιο του 1944, το ΕΑΜ ασκούσε πολιτική και στρατιωτική εξουσία σε εκτεταμένες περιοχές, διαθέτοντας τις παραμονές της απελευθέρωσης 81.000 αντάρτικο στρατό και περίπου 30.000 μέλη στον εφεδρικό ΕΛΑΣ. Αλλά και στην ίδια την πρωτεύουσα τις παραμονές της Απελευθέρωσης οργανωμένα στρατιωτικά τμήματα του ΕΛΑΣ είχαν καθημερινή παρουσία στις απομακρυσμένες από το κέντρο συνοικίες, οι οποίες στα μέσα Σεπτεμβρίου 1944 είχαν ουσιαστικά απελευθερωθεί. Στο τέλος της Κατοχής η πραγματική δύναμη του Α΄ Σώματος Στρατού του ΕΛΑΣ στην Αθήνα ήταν 2.500 τακτικός στρατός (ένοπλοι) και 18.000 εφεδρικός (άοπλοι). Αυτή ακριβώς η ντε φάκτο στρατιωτική και πολιτική ισχύς του ΕΑΜ στην κατεχόμενη χώρα και η δυνάμει αποτύπωσή της στο μεταπολεμικό πολιτικό σκηνικό στέκονταν εμπόδιο στην επιστροφή στην προπολεμική τάξη πραγμάτων. Κύριο μέλημα της βρετανικής πολιτικής αλλά και του μέρους εκείνου της ελληνικής αστικής τάξης που βρισκόταν υπό την προστασία της ήταν να αποτρέψουν την άνοδο του ΕΑΜ στην εξουσία, είτε τη βίαιη, όπως θεωρούσαν αρχικά, είτε την ομαλή, μέσω δημοκρατικών διαδικασιών, όπως αποδείχθηκε στη συνέχεια.
Οι δεσμεύσεις που επιβλήθηκαν στο ΕΑΜ για να εμποδίσουν την πορεία του προς την εξουσία αποτυπώθηκαν στη Συμφωνία της Καζέρτας στις 26 Σεπτεμβρίου 1944. Ολες οι ανταρτικές δυνάμεις τέθηκαν υπό τη δικαιοδοσία του Βρετανού αντιστράτηγου Ρόναλντ Σκόμπι ο οποίος οριζόταν στρατιωτικός διοικητής των συμμαχικών δυνάμεων στην Ελλάδα. Η στρατιωτική διοίκηση της Αττικής ανατέθηκε στoν στρατηγό Παναγιώτη Σπηλιωτόπουλο, ο οποίος θα δρούσε σε στενή συνεργασία με εκπροσώπους της κυβέρνησης Εθνικής Ενότητας που επρόκειτο να φτάσουν στην Αθήνα. Ο ΕΛΑΣ, υπό το πρόσχημα αποφυγής της σύγχυσης, διατασσόταν να κρατήσει τις κύριες δυνάμεις του εκτός Αττικής. Ολες οι δυνάμεις του στην περιοχή της πρωτεύουσας (Α΄ Σώμα Στρατού) υπάγονταν στον Σπηλιωτόπουλο υπό τις διαταγές των Βρετανών.
Με βάση αυτό το σκεπτικό ο Σπηλιωτόπουλος έδωσε διαταγή να μη γίνει καμία επιθετική ενέργεια εναντίον των υποχωρούντων Γερμανών μέσα στην Αθήνα και στον Πειραιά για να μη διακινδυνεύσει ο άμαχος πληθυσμός και προκληθούν εκτεταμένες καταστροφές. O ΕΛΑΣ της Αθήνας αναλάμβανε το καθήκον να εμποδίσει τον εχθρό να καταστρέψει φεύγοντας ό,τι είχε στρατιωτική και οικονομική αξία αλλά και να εξασφαλίσει την τάξη μετά την αποχώρηση των Γερμανών.
Παρόλο που το ΕΑΜ δεσμεύτηκε με ετεροβαρείς συμφωνίες και προσχώρησε στην κυβέρνηση Εθνικής Ενότητας του Γ. Παπανδρέου συνέχισε να αντιμετωπίζει την καχυποψία των πολιτικών του αντιπάλων και των Βρετανών. Είναι χαρακτηριστικό ότι ο Ζέρβας διέδιδε σχέδιο για λίστες προγραφών του ΕΑΜ με την Απελευθέρωση που αφορούσαν 60.000 άτομα μόνο στην Αθήνα. Φιλοβασιλικές οργανώσεις με κύριο μοχλό το πολιτειακό ζήτημα, την επάνοδο δηλαδή ή όχι του βασιλιά Γεωργίου Β΄, έχοντας την υλική και πολιτική στήριξη των Βρετανών ενισχύονταν στρατιωτικά προκειμένου να επιβάλουν την επιστροφή του απονομιμοποιημένου –λόγω της συνεργασίας με τον Μεταξά– μονάρχη. Υπολείμματα σωμάτων ασφαλείας, μέλη των Ταγμάτων Ασφαλείας και ακροδεξιές οργανώσεις εξοπλισμένες από Γερμανούς με την έγκριση της κυβέρνησης Ράλλη αλλά και με τη σιωπηρή αποδοχή των Γερμανών συγκρότησαν υπό την καθοδήγηση του Παν. Σπηλιωτόπουλου φιλομοναρχικά στρατιωτικά σώματα. Ο Σπηλιωτόπουλος, επιτελικός αξιωματικός της Χωροφυλακής στην πρώτη κατοχική κυβέρνηση του Τσολάκογλου, είχε στενούς δεσμούς με τους φιλομοναρχικούς της Μέσης Ανατολής καθώς ήταν δεύτερος στην ιεραρχία της οργάνωσης ΡΑΝ (Ρήλος – Αυλών – Νήσοι), η οποία είχε αρχηγό τον στρατηγό Βεντήρη, αρχηγό του επιτελείου του Βασιλικού Ελληνικού Στρατού Μέσης Ανατολής και ακραιφνή φιλοβασιλικό. Τα σώματα αυτά θα μπορούσαν να δράσουν από κοινού με άντρες των σωμάτων ασφαλείας (Χωροφυλακή – Αστυνομία) για να πραγματοποιήσουν φιλοβασιλικό πραξικόπημα και να καταλάβουν την Αθήνα με την αποχώρηση των Γερμανών. Ιδιαίτερα μετά την ενίσχυσή τους με οπλισμό που έφτασε στις ακτές της ανατολικής Αττικής από τη Μέση Ανατολή (23 Σεπτεμβρίου και 12 Οκτωβρίου 1944).
Ολα αυτά ήταν γνωστά στις ηγεσίες του ΕΑΜ και του ΚΚΕ. Στο πλαίσιο μιας γενικότερης στρατηγικής η οποία συνυπολόγιζε τη γεωπολιτική θέση της χώρας και εσωτερικούς παράγοντες παρέμεναν συνεπείς στην πολιτική της εθνικής συμφιλίωσης όπως εκφράστηκε στην Πανελλαδική Συνδιάσκεψη του ΚΚΕ στα τέλη του 1942. Ο αντιστασιακός εθνικοαπελευθερωτικός αγώνας προτασσόταν έναντι οποιουδήποτε πολιτικού στόχου, είτε αυτός ήταν η λύση του πολιτειακού ζητήματος είτε ο απώτερος στόχος του σοσιαλισμού. Είχαν επιβάλει ακόμη στην εσωκομματική τους αντιπολίτευση τις Συμφωνίες του Λιβάνου και της Καζέρτας, υπόθεση καθόλου εύκολη καθώς αυτές είχαν προκαλέσει γενική αγανάκτηση στην πλειονότητα των μαχητών του ΕΛΑΣ. Είχαν τιθασεύσει τον ενθουσιασμό αλλά και τις πρωτοβουλίες καπετάνιων δίνοντας αυστηρές εντολές να μην εισέλθει ο ΕΛΑΣ στις περιοχές που δεν επέτρεπε η Συμφωνία της Καζέρτας. Το αποτέλεσμα ήταν να τηρηθεί η κομματική πειθαρχία, ιδιαίτερα την περίοδο της Απελευθέρωσης.
Σε όλη τη διάρκεια των πανηγυρισμών για την απελευθέρωση της πόλης επικρατεί απόλυτη τάξη. Με την πλήρη αποχώρηση των Γερμανών εγκαταστάθηκε στην Αθήνα τριμελές κλιμάκιο της κυβέρνησης Εθνικής Ενότητας από τους υπουργούς Φ. Μανουηλίδη, Γ. Ζεύγο και Θ. Τσάτσο για να αναλάβει την εξουσία των απελευθερωμένων περιοχών ενώ η Αστυνομία, που τελούσε υπό τις διαταγές του Αγγελου Εβερτ, συνέλαβε τον τελευταίο κατοχικό πρωθυπουργό Ι. Ράλλη ο οποίος είχε παραμείνει στη Μητρόπολη καθ’ όλη τη διάρκεια της 12ης Οκτωβρίου. Την ίδια τύχη είχαν και ο πρώτος δωσίλογος πρωθυπουργός Γ. Τσολάκογλου και οι υπουργοί της κυβέρνησής του αλλά και διευθυντές εφημερίδων που είχαν συνεργαστεί ανοιχτά με τους Γερμανούς.
Η Απελευθέρωση άφησε την Ελλάδα οικονομικά κατεστραμμένη και πολιτικά διχασμένη. Εκθέσεις ελληνικών κρατικών φορέων και διεθνών οργανισμών που συντάχθηκαν αμέσως μετά το τέλος του πολέμου κατέγραφαν βαριές καταστροφές. Η Ελλάδα απώλεσε περίπου το 10% του πληθυσμού της εξαιτίας της πείνας, των κακουχιών, των βομβαρδισμών, των πολεμικών συγκρούσεων και των εκτελέσεων. Οι ισραηλιτικές κοινότητες αποδεκατίστηκαν. Οι κατακτητές έκαψαν 1.170 χωριά, τα περισσότερα στην Ήπειρο. Η αγροτική και η βιομηχανική παραγωγή γνώρισαν δραματική πτώση. Ολική ήταν η καταστροφή του σιδηροδρομικού και οδικού δικτύου, του Ισθμού της Κορίνθου, των εγκαταστάσεων του πλήρως εκσυγχρονισμένου λιμανιού του Πειραιά και των αεροδρομίων. Το 75% του εμπορικού στόλου που προπολεμικά ήταν ο ένατος μεγαλύτερος σε χωρητικότητα, και το ¼ των οικοδομών, περίπου 1.500.000 σπίτια, καταστράφηκαν. Ατελείωτος ο κατάλογος με τις καταστροφές στο τηλεπικοινωνιακό δίκτυο, τις βιομηχανίες, τις επιχειρήσεις, τις υποδομές που εξαρθρώθηκαν Ο συνδυασμός Κατοχής και πολέμου στέρησε από την κατεχόμενη οικονομία τα μέσα για τη συντήρηση και την αναπαραγωγή της και προσέδωσε στον σφετερισμό των παραγωγικών πόρων και των αγαθών της κατεχόμενης χώρας καταστροφικές διαστάσεις. Η Ελλάδα αναγκάστηκε να πληρώσει τόσο για τη στρατιωτική της Κατοχή όσο και για την εκπλήρωση στρατιωτικών σχεδίων του Άξονα στην Ανατολική Μεσόγειο.
«Ένας νέος κόσμος θα υψωθεί από τα ερείπια» υποσχέθηκε ο Παπανδρέου στο λόγο της Απελευθέρωσης. Αντί όμως να ξημερώσει ένας «γενναίος, νέος κόσμος» τον οποίο οραματίστηκαν και για τον οποίο αγωνίστηκαν όλοι όσοι έμειναν στη χώρα και αντιστάθηκαν στους Ναζί και τους συνεργάτες τους, αυτό που περίμενε τον ελληνικό λαό ήταν νέα ερείπια.